Polityk został usunięty z urzędu po protestach społecznych w kwietniu 2019 roku. Obecnie władzę w Sudanie pełni rząd przejściowy z Tymczasową Radą Wojskową.
Omar el-Baszir w 2009 roku został oskarżony przez Międzynarodowy Trybunał Karny o zbrodnie przeciw ludzkości, ludobójstwo w prowincji Darfur i zbrodnie wojenne. Podczas śledztwa ustalono, że przyjął 90 mln dolarów w gotówce od kogoś w Arabii Saudyjskiej. Zeznawał, że pieniądze otrzymał przez pośredników od saudyjskiego następcy tronu, czyli Muhammada ibn Salmana.
W kwietniu 2019 roku został obalony z urzędu w wyniku protestów społecznych i aresztowany przez juntę wojskową. Początkowo manifestacje dotyczyły przede wszystkim brakiem żywności i paliw oraz stale rosnącymi cenami produktów i usług. Z czasem przerodziły się w regularne demonstracje przeciw rządzącemu od niemal 30 lat prezydentowi.
W rezydencji el-Baszira znaleziono gotówkę w trzech walutach o łącznej wartości ponad 110 mln dolarów.
W sobotę zapadł wyrok w pierwszym z procesów jakie czekają byłego prezydenta Za korupcję i nielegalne posiadanie obcej waluty został skazany na karę 2 lat pozbawienia wolności.
Obecnie władzę w Sudanie pełni Tymczasowa Rada Wojskowa wraz z cywilami. Podział władzy ma charakter przejściowy na 3 lata i jest wynikiem porozumienia obu stron.