W programach grantowych przyznawał dotacje organizacjom nieuprawnionym i wbrew zaleceniom zatrudnionych przez siebie ekspertów. Lewica w tej sprawie składa zawiadomienie do prokuratury.
Miażdżący raport NIK-u po kontroli w Ministerstwie Edukacji i Nauki dotyczącej programu grantów nazwanego przez dziennikarzy wymownie “willa plus”. Zdaniem kontrolerów, minister Czarnek nielegalnie wydawał pieniądze – chodzi o 6 milionów złotych. O sprawie rozmawiali były szef NIK senator Krzysztof Kwiatkowski i posłanka Koalicji Obywatelskiej Katarzyna Lubnauer.