Neonazistowskie Narodowosocjalistyczne Podziemie działało na terenie Niemiec od końca lat 90. Zschaepe była partnerką dwóch członków organizacji – Uwe Mundlosa i Uwe Boehnharda, gdy zamordowali oni dziesięć osób i przygotowywali dwa zamachy bombowe.
Dwaj mężczyźni popełnili w listopadzie 2011 roku samobójstwo, otoczeni przez policję. Zschaepe podpaliła ich wspólne mieszkanie w Zwickau w Saksonii i oddała się w ręce policji. Komisje śledcze Bundestagu wykazały, że policja popełniła rażące błędy. Błędy w działaniu służb oraz pomoc ze strony skrajnie prawicowych sympatyków umożliwiły neonazistowskim terrorystom bezkarne działanie przez ponad 10 lat.