W naszym kraju co roku rejestruje się 150-350 zachorowań na KZM. Wirus, który dostanie się do ośrodkowego układu nerwowego, wywołuje w nim stan zapalny. Po pokłuciu przez zakażonego kleszcza nasz układ odpornościowy będzie próbował go zwalczyć. Jeżeli nie uda mu się to nie uda, pojawiają się pierwsze objawy zakażenia. Przypominają grypę: najczęściej jest to gorączka, bóle głowy, mięśni, bóle stawów. Jeżeli organizm na tym etapie nie poradzi sobie z infekcją, po kilku dniach od zakończenia fazy grypopodobnej wirus przenika do układu nerwowego. Wówczas konieczna jest hospitalizacja. Nie ma leku, który można zastosować, by zahamować namnażanie się wirusa. Stosuje się wyłącznie leczenie objawowe.
Większość zachorowań przebiegających pod postacią zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych kończy się wyleczeniem. Nie zawsze oznacza to jednak powrót do stanu zdrowia z okresu przed infekcją.
Groźny wirus wywołujący kleszczowe zapalenie mózgu ma na szczęście dosyć prostą budowę, dzięki czemu istnieje przeciw niemu bardzo skuteczna szczepionka ochronna.