Podróż sondy na orbitę Merkurego potrwa siedem lat. W tym czasie sonda wykona dwa przeloty w pobliżu planety Wenus. Astronomów intryguje szczególnie pole magnetyczne Merkurego, jest on bowiem jedyną obok Ziemi planetą w Układzie Słonecznym, która posiada własną magnetosferę.
Sonda BepiColombo składa się z dwóch orbiterów wyposażonych w ważące łącznie 100 kg instrumenty. Pierwszy – MPO (Bepi) – skupi się wyłącznie na tworzeniu map planety i badaniu jej powierzchni, budowy wewnętrznej i egzosfery. Drugi – MMO (Mio) – będzie badał magnetyczne otoczenie planety. Po dotarciu sondy do celu najpierw uwolniony zostanie Mio, a następne Bepi, który umieszczony zostanie na najniższej jak dotąd orbicie wokół Merkurego.