Pod żadnym pozorem nie mogę dopuścić do sytuacji, w której prezydent Kosowa musiałby stanąć przed sądem. W związku z tym, by chronić integralność urzędu prezydenta Kosowa, integralność Republiki Kosowa, godność obywateli Kosowa, a także szanując nasze międzynarodowe relacje zdecydowałem się zrezygnować z funkcji prezydenta Kosowa
W czerwcu Specjalna Izba Sądowa ds. Kosowa (KSC) w Hadze poinformowała o wniesieniu zarzutów wobec Thaciego oraz dziewięciu innych osób. Wszyscy zostali oskarżeni o zbrodnie przeciwko ludzkości i zbrodnie wojenne popełnione na Serbach podczas wojny w Kosowie w latach 1998-1999. Thaci był wówczas jednym z przywódców Armii Wyzwolenia Kosowa (UCK). Zdaniem prokuratorów z Hagi, oskarżeni winni są prawie 100 zabójstw Serbów, Romów i przeciwników politycznych.